Category Archives: 读书笔记

“蛋白质结构预测”问题描述

相信很多学CS的同学之前都没听说过“蛋白质结构预测”这个问题,直到2018年12月初,一则劲爆消息瞬间引爆了CSer的朋友圈,那就是Google Deepmind团队开发的AlphaFold一举拿下当年的CASP比赛冠军,而且远远甩开了第二名。我当时就转载过类似的公众号文章,大家可以阅读并想象当时朋友圈的欢呼声:阿尔法狗再下一城 | 蛋白结构预测AlphaFold大胜传统人类模型

当时,很多同学也转载过类似的文章,但其实很少有人真正明白“蛋白质结构预测”这个问题是什么,它的难度有多大,CASP是个什么比赛,以及AlphaFold的内部原理是什么。当然,对于这一连串的问题,我当时也是懵逼的。不过自己好歹也是个跟蛋白质有关的PhD,如此热点事件,自然是要关注的。不过之后一直没时间,直到今年相关顶级文章再次爆出,我就借着准备文献讲评的机会了解了相关的知识,在这里跟大家分享一下。

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/a9/Protein_folding.png
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《三体》始末

简化版:

  1. 叶文洁向宇宙发射了一个信号
  2. 三体人接收到了这个信号
  3. 三体人计划逃离水深火热的三体星系,殖民太阳系
  4. 地球人在保卫太阳系的末日之战中,被三体舰队团灭,太阳系岌岌可危
  5. 罗辑参透了黑暗森林法则,并假借雪地工程实现了对三体星系的威慑,三体撤军,太阳系幸存
  6. 罗辑年老体衰,程心接替罗辑成为新的执剑人
  7. 三体人预料到程心心慈手软,不敢实施黑暗森林打击
  8. 三体人果断进军太阳系,程心果然没有实施黑暗森林打击,地球沦为三体人的殖民地
  9. 在太空执行任务的地球飞船发射了三体坐标,三体再次撤军,并随后遭到黑暗森林打击,三体星系灭亡
  10. 发射三体坐标也暴露了太阳系坐标,太阳系遭到更高级的打击——降维打击,太阳系被二维化
  11. 程心借助光速飞船逃离太阳系来到了云天明送给她的类地行星蓝星上
  12. 程心又进入了云天明送给她的平行小宇宙,企图躲避大宇宙的归零大爆炸
  13. 太多的小宇宙导致大宇宙质量流失,无法归零
  14. 大宇宙向所有宇宙发布回归运动声明,请求小宇宙归还质量
  15. 程心最终归还质量,回到了大宇宙
  16. 大宇宙坍缩成奇点,完成大爆炸,宇宙开始了新的轮回

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