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“蛋白质结构预测”问题描述

相信很多学CS的同学之前都没听说过“蛋白质结构预测”这个问题,直到2018年12月初,一则劲爆消息瞬间引爆了CSer的朋友圈,那就是Google Deepmind团队开发的AlphaFold一举拿下当年的CASP比赛冠军,而且远远甩开了第二名。我当时就转载过类似的公众号文章,大家可以阅读并想象当时朋友圈的欢呼声:阿尔法狗再下一城 | 蛋白结构预测AlphaFold大胜传统人类模型

当时,很多同学也转载过类似的文章,但其实很少有人真正明白“蛋白质结构预测”这个问题是什么,它的难度有多大,CASP是个什么比赛,以及AlphaFold的内部原理是什么。当然,对于这一连串的问题,我当时也是懵逼的。不过自己好歹也是个跟蛋白质有关的PhD,如此热点事件,自然是要关注的。不过之后一直没时间,直到今年相关顶级文章再次爆出,我就借着准备文献讲评的机会了解了相关的知识,在这里跟大家分享一下。

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/a9/Protein_folding.png
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