张居正死后，万历正式掌权。起初，万历还干点活，但是到后来就开始不理朝政了。而此时的首辅申时行又是个和事老，没啥真本事，朝廷被各种乱七八糟的事情搞得乌烟瘴气。下面列出其中三件事，见微知著。
第一件大事就是争国本。所谓太子者，国之根本，争国本就是皇帝和群臣因为册立太子的问题闹得不可开交。事情的经过是这样的，万历14岁的时候，张居正和李太后给他挑了个老婆当皇后，但这个皇后生不出儿子。后来，万历在后宫偶然临幸了一个姓王的宫女，该宫女生下万历的长子朱常洛。但万历并不喜欢这个宫女，那次临幸也只能算是万历一时冲动。万历真正宠幸的是郑贵妃，郑贵妃也很争气，给万历生下了三儿子朱常洵（二儿子夭折）。由于万历喜欢郑贵妃不喜欢王宫女，根据爱屋及乌定理，万历喜欢三儿子朱常洵不喜欢长子朱常洛。所以，万历一直想立朱常洵为太子。但是明朝历来都是立长子为太子，万历心里的小九九，群臣肯定不同意。为了拖延立太子的事情，万历死活不让朱常洛出阁读书，因为明朝皇子出阁读书就等于承认他是太子了。所以，一直到朱常洛十多岁了，他也没出阁读书，俨然一个失学儿童啊。群臣为了这个事情要死要活，要知道明朝的言官可是相当厉害，那时候言论自由，言官谁都敢骂。于是群臣前仆后继的给万历上书，要求早点让朱常洛出阁读书，并册立为太子，要不然就集体罢官回家，让你万历当光杆司令。万历也针锋相对，群臣要闹你就闹吧，大不了我不上朝，眼不见心不烦。可是，闹到最后没办法，万历终于在万历二十九年立19岁的朱常洛为太子，立朱常洵为福王。争国本事件告一段落。
第二件事是妖书案。虽然朱常洛经历风风雨雨当上了太子，但只要万历一天不死，幕后的阴谋将永不停息。朱常洛被册立为太子的两年后，朝廷中疯传一封妖书，这份妖书暗讽万历并不想立朱常洛为太子，他是被迫的。并且预示福王朱常洵将会成为新的太子。此外，此时朝廷中党派林立，以江苏东林书院为阵地的东林党自成一派，此外还有山东的齐党、湖北的楚党、浙江的浙党等。由于东林党过于强大，齐楚浙三党合一，合称齐楚浙党，共同对抗东林党，史称东林党争。双方也借助妖书案互相攻击陷害。可是，妖书案最终也没查出幕后黑手，案发莫名其妙不说，破案也破得莫名其妙。最终，锦衣卫抓来一个穷秀才当背锅侠，这个穷秀才被凌迟处死，妖书案到此结束。
第三件事是梃击案。说是某一天，有一个男子手持木棍就往太子朱常洛所在的慈庆宫里冲，而且打伤守门太监，准备袭击太子，幸好被闻讯赶来的其他太监制伏了。这件事可就闹大了，居然有人要刺杀太子。最后审来审去，行凶男子最终招供，他是被郑贵妃手下的两个太监指示的，也就是说是郑贵妃想要刺杀太子。看来郑贵妃依然不死心，想让自己的儿子当太子啊。事情败露之后，郑贵妃肯定不会承认啊，她惶惶不可终日，整天向万历哭诉表忠心。而太子朱常洛是个善良的人，他也表示对此事不再深究。于是，这件事以凶手被处死而告终。经过这件事，朱常洛的太子地位得以巩固，万历和郑贵妃也基本上放弃了要另立太子的念想。
以上就是万历同志执政期间的大致成就，具体说来就是既不上朝也不理政，一天到晚忙着各种斗争。
就在万历和群臣斗得不亦乐乎的时候，辽东一个不起眼的敌人开始悄悄崛起，那就是努尔哈赤。那时候辽东很乱，蒙古的多个部落和女真的多个部落都在那里闹事。朝廷派李成梁驻守辽东，但李成梁纵容包庇了建州女真部落首领努尔哈赤，导致努尔哈赤统一女真各部落，并最终占领整个辽东地盘。而面对这种情况，李成梁选择迁走山海关以外的居民，将辽东拱手让给努尔哈赤。1616年，努尔哈赤在今辽宁赫图阿拉建立政权，史称后金，是为大清国前身。在明朝和努尔哈赤的战争中，明朝虽然先后派遣多个部队攻打努尔哈赤，但都以失败告终，其中比较著名的是“萨尔浒之战”，努尔哈赤以6万兵力大败明朝的11万兵力。
1620年，万历驾崩，享年58岁，在位48年，是明朝历史上在位时间最长的一任皇帝。被压抑了38年的朱常洛终于得以继位登基，史称明光宗，但是他却只在位了一个月。导致朱常洛死亡与不幸的罪魁祸首就是郑贵妃。朱常洛继位后，郑贵妃给朱常洛送去了8个美女，当晚，朱常洛“连幸数人，圣容顿减”，不解释大家也应该明白什么意思哈哈。皇帝身体差了之后自然要看医生，然后郑贵妃又安排她手下的太监给皇帝下泻药，最后又吃下所谓的红丸（仙丹），一命呜呼。这就是明末的又一大疑案“红丸案”。
朱常洛驾崩后，他的儿子朱由校继位，史称明熹宗，年号天启。拜他父亲所赐，几十年来躲躲藏藏、提心吊胆，朱由校的教育是一点都没管，所以他也不怎么爱读书，却很喜欢做木匠，常年钻研木工技巧，不理朝政。所以在这期间，朝政又落到了太监魏忠贤手中。魏忠贤原来是朱常洛的妃子李选侍的太监，后来把朱由校的奶妈客氏拐走了，并通过不断排挤陷害其他太监，慢慢爬到了司礼监秉笔太监的位置，最后权倾朝野。而之前被东林党打压的齐楚浙党也纷纷归入魏忠贤手下，三党合一，史称阉党。在魏忠贤领衔的阉党的打压下，东林党一蹶不振，全国笼罩在一片白色恐怖之中，先后有东林六君子和东林七贤被迫害致死。此外，阉党还专门跑去江苏逮捕东林党人，搜捕暴动市民，其中五个市民首领英勇就义，此即五人墓碑记中记载的事件。
除了内忧，外患也日益严重。在辽东战场，经历了萨尔浒之战的失败后，明朝派出孙承宗出征山海关。孙承宗到任后，除了日常的练兵之外，还培养提拔了另一个名人袁崇焕，袁崇焕又进一步训练出了有名的关宁铁骑，并聚集了包括祖大寿、吴襄（吴三桂）、满桂、赵率教、毛文龙等一批名将。
1626年，袁崇焕和努尔哈赤在宁远城展开决战，袁崇焕守城，努尔哈赤攻城。经过十多天的激战，努尔哈赤不但没有攻下宁远城，还被袁崇焕的大炮击中，最后不得不退兵。宁远之战是明朝和努尔哈赤的多年交锋中第一次取得胜利的战争。七个月之后，征战半生的努尔哈赤逝世，他的儿子皇太极接替努尔哈赤继续对明朝展开进攻。