皇太极继位后，继续开展对明朝的进攻。第一战即为宁远决战，皇太极本想在他父亲倒下的地方站起来，于是他带领大部队绕过锦州，直击宁远城。战争的结局是袁崇焕带领的宁远守军击溃了皇太极的进攻，同时后方的锦州守军赵率教趁机攻打皇太极的后方，皇太极腹背受敌，惨败而归。此次战役被称为大明朝的“宁锦大捷”。

朝廷内部，太监魏忠贤继续把持朝政，胡作非为，比如称呼自己为九千岁，给自己修书、建祠堂等。更为狠毒的是，他和客氏通过各种手段，让皇帝没有儿子，或者儿子夭折。魏忠贤的目的很简单，把朱由校当傀儡养着，自己掌握实权，如果朱由校有比较聪明的儿子，魏忠贤就不好控制了。但是，万万没想到的是，朱由校年仅23岁就驾崩了，拜魏忠贤所赐，朱由校没儿子，于是皇位落到了朱由校的弟弟朱由检身上。