朱祁镇凭借还乡团成员石亨、曹吉祥、张軏、徐有贞和李贤，成功复辟。朱祁镇复辟之后，还乡团成员自然不会忘记他们帮朱祁镇复辟的目的——杀于谦。于是，在徐有贞捏造的莫须有的罪名之后，北京保卫战第一大功臣于谦被下令斩首；内阁也被还乡团扫荡一空，朝廷上下全部换成了还乡团的人。
然而，还乡团成员并没有过上幸福生活，反而出现了内斗。原因是徐有贞是一个有追求、有理想的坏人，而石亨和曹吉祥除了有野心和贪欲，其他啥也没有。于是还乡团分为两派，一派是徐有贞和他提拔的李贤，另一派是石亨和曹吉祥，两派正式开始了内斗。事实上，这些人里面还有第三派，即李贤，他虽然是徐有贞提拔起来的，但他自成一派。自北京保卫战之后，李贤认识到，在这样一个污秽的地方，还有像于谦这样勇于任事，刚正不阿的人。在于谦被杀之后，李贤决定为于谦讨回公道。于是他的敌人是整个还乡团成员，包括石亨、曹吉祥和徐有贞，但表面上，李贤暂时和徐有贞一派。
内斗结果是，徐有贞最先被淘汰，充军云南后回到故乡，在人们的鄙视和谩骂中死去。接着，石亨的种种任人唯亲、贪污腐败的行为不断引起朱祁镇的反感，在李贤的推波助澜之下，石亨光荣入狱并惨死狱中。最后，曹吉祥也慌了，知道自己即将大难临头，他和养子曹钦居然密谋造反，最后造反失败，被凌迟处死。至此，历时五年，还乡团成员全军覆没，正义得到了伸张，李贤名留青史。
经历了无数的刀光剑影，权谋斗争，朱祁镇平静地走向了自己人生的终点。这位皇帝的一生并不光彩，他宠信过奸邪小人，打过败仗，当过俘虏，做过囚犯，杀过忠臣，要说他是好皇帝，真是鬼都不信。但他是一个好人，他几乎信任了身边每一个人，可事实证明，好人是做不了好皇帝的。在临死之前，朱祁镇废除了“皇帝驾崩，后宫殉葬”的制度，算是给他的人生添加了一抹亮色。朱祁镇死后，皇位传给了他的长子朱见深，由此开启了一个让人哭笑不得的朝代。
由于父亲的悲惨遭遇，朱见深在童年时受尽了累，吃够了苦。在朱祁镇战败被俘之后，哥哥朱祁钰成为代理皇帝。孙太后担心皇位旁落，急忙拥立朱祁镇的儿子朱见深为太子，并且派出亲信一个姓万的宫女，去保护朱见深。那一年，万宫女十九岁，朱见深两岁。在万宫女无微不至的照料下，朱见深对万宫女产生了感情。即使在朱见深当上皇帝之后，他在后宫中宠幸最多的依然是比自己大十七岁的万阿姨（此时已经是万贵妃）。万贵妃曾经给朱见深生了一个儿子，但这位皇子一年之后就夭折了，此后万贵妃年纪太大无法生育。虽然朱见深对万贵妃宠幸最多，但他也会临幸其他妃子或宫女，为什么这么久过去了，他还没有任何子女呢。因为万贵妃仗着朱见深对她的宠幸，雄霸后宫，只要听说哪个宫女或妃子怀孕了，就偷偷派人逼宫女或妃子堕胎！
改变这一现状的是一个姓纪的姑娘。成化初年，广西发生叛乱，朝廷平定叛乱之后，抓了一些年轻的男男女女送到京城，男的会被阉割成为太监（之前的郑和就是这么来的），女的会被安排做宫女。在这批进宫的人中，有一男一女，给大明帝国带来了深远的影响。男的叫汪直，女的就是这位纪姑娘。
纪姑娘进宫之后，被安排作为钱库管理员。有一次皇帝视察钱库，喜欢上了纪姑娘，于是直接就“临幸”了，然后纪姑娘就怀孕了。按说这个时候万贵妃就该派人来逼迫堕胎了，但因为纪姑娘平时人缘很好，来逼迫堕胎的宫女主动替纪姑娘撒谎说只是生病没有怀孕。后来，纪姑娘生下了孩子，万贵妃派太监张敏来溺死这个孩子，张敏也非常慈悲地没有这么做，而是接走了孩子帮忙抚养。在张敏无法负担抚养费时，前任皇后吴小姐主动接过孩子进行抚养。在孩子六岁的时候，张敏最终把这个秘密告诉了朱见深，这个孩子从此有了自己的名字——朱佑樘。朱佑樘搬进宫里住了不到一个月，他的母亲纪姑娘死于后宫住所，死因不详。有说被逼自杀，有说突发重病身亡，但她的死因却似乎并没有引起什么争议，因为所有人都知道凶手的名字以及行凶的动机。不久之后，太监张敏在宫中吞金自尽，当一个人不得不走向死亡时，自杀代表着尊严和抗争。此后，万贵妃不敢再堕别人的孩子，朱见深见形势大好，接连生了十几个儿子。
在朱见深统治时期，明朝上下乌烟瘴气，五大门派明争暗斗，朝政一塌糊涂。这五大门派分别是春派，负责给皇帝研制春药，掌门人是梁芳；仙派，负责给皇帝研制长生不老之药，掌门人是李孜省；监派，负责各种特务工作，掌门人是汪直和尚铭；后派，皇帝后宫，掌门人是万贵妃；混派，混日子的文官集团，掌门人是万安。其中春派和仙派的掌门人都是万贵妃提拔起来的，所以后派、春派和仙派是同盟关系，称为泛后阵营；监派内部存在矛盾，即西厂的汪直（当初平定广西叛乱带入宫的男的）和东厂的尚铭有内部矛盾，但对外一起对抗泛后阵营；混派派如其名，谁都不敢得罪，只能乖乖混日子。归根到底，成化年间的乌烟瘴气，都是因为朱见深的软弱无能。在万贵妃去世后，朱见深彻底崩溃病倒了，没过多久，也去世了。
朱见深死后，他和纪妃的儿子朱佑樘继位，开启弘治时代。朱佑樘上位之后，就开始大刀阔斧地清理五大门派的垃圾，并起用王恕、马文升两位老前辈。在王恕、马文升的支持下，三个人相继进入内阁：刘健、李东阳、谢迁。此三人通力合作，发挥各自所长，大明帝国国力强盛、天下太平。
在这期间，发生了唐伯虎的故事。唐寅，字伯虎，江苏吴县人，从小就被人称为天才，就是那种不用头悬梁锥刺股就能学富五车的人。唐伯虎在进京赶考的路上，遇到了另一个赶考的人，徐经。考完之后，他们两和主考官程敏政就被判合谋作弊而锒铛入狱。事情的经过是这样，考完之后，很多考生一起吃饭，猜测谁能中进士，此时，唐伯虎就高调地说自己肯定能中进士。虽然凭唐伯虎的才能，他确实很有可能中进士，但他这么高调自信，难免让人怀疑他可能提前知道了考题。考试结果恰巧是只有唐伯虎和徐经中了进士，于是大家就举报考官程敏政泄题了。经过调查，可能是程敏政的仆人出卖考题给徐经，而程敏政和唐伯虎是否有合谋作弊，真相就不得而知了。最后结果是程敏政被迫退休，回家不久就去世了；而唐伯虎对前途心灰意冷，四处逛妓院，开始了流浪生活；徐经对科举恨之入骨，告诫后代不要读书，于是很多年后，他的儿子的儿子的儿子徐振之，此人不爱读书，只喜欢旅游，别号徐霞客。一番折腾下来，大明王朝少了两个官僚，却多了一个浪荡才子和一个地理学家，倒也不是件坏事。
朱佑樘在位期间，不顾身体夜以继日地工作，为大明王朝献出了自己的一切。由于工作强度太大，三十多岁已经重病缠身，弘治十八年就去世了。
朱佑樘去世后，他的儿子朱厚照继位，明代历史上最能闹的一位皇帝出场了。朱佑樘命不好，只生了两个儿子，还有一个病死了，所以朱厚照成为了独苗，打不得骂不得，无数败家子就这么炼成了。
朱厚照最大的特点就是爱玩，怎么好玩怎么玩，翻过来覆过去，天翻地覆，鬼哭神嚎，也只是为了一个字——玩。所以，朱厚照经常不在宫里好好待着，老跑到外面去四处闲逛。这可急坏了朝廷百官，国不可一日无君，万一朱厚照在外面玩的时候有个三长两短，大明江山怎么办。于是文官集团不断上书请朱厚照好好工作、好好当皇帝。朱厚照觉得文官集团很烦，此时，太监刘瑾在皇帝身边吹风，告诉朱厚照你是皇帝，你想怎样就怎样。由于刘瑾很能哄爱玩的朱厚照，于是以刘瑾为首的太监集团不断得到皇帝的重用，刘瑾集团和以刘健、李东阳、谢迁为首的内阁形成了矛盾对立的两派。在这两派的斗争中，内阁集团败下阵来，刘健和谢迁相继告老还乡，而李东阳留了下来，他将肩负起匡扶正义、铲除刘瑾的重任。有时候，屈辱地活着比悲壮地死去更需要勇气。
在这期间，插播一段王阳明的传奇故事。王守仁，字伯安，别号阳明，出生于浙江余姚。王阳明家是远近闻名的大地主，父亲王华是状元，还给皇帝当过讲师，位高权重。可儿子王阳明好像不学无术，整天稀奇古怪的，特别是有一天王华发现王阳明正待在自家花园，对着一枝竹子发呆，一动不动。后来王华才知道，儿子王阳明在“格”竹子。因为他想做圣贤，有人告诉他做圣贤需要学习先辈朱熹“格物穷理”，去追求世界上最为深邃、根本的道理。宋明理学的另一位伟大导师程颐也说:“今日格一物，明日又格一物，豁然贯通，终知天理。”所以王阳明每天格一样东西，今天格格竹子，明天就可能格梅花了。这就是中国历史上著名的守仁格竹的故事。但是格了好几天，王守仁也没悟出个道理，于是他就听他爹的话乖乖去考科举当官了。
可由于王阳明的刚正不阿，得罪了刘瑾集团，被贬到贵阳市的一个县当招待所所长。在那个穷乡僻壤，经过几年的悟道，王阳明终于悟出了这世间的终极智慧，朱熹宣扬的“存天理、去人欲”是不合理的，而天理即是人欲！王阳明顿悟了，中华文明史上一门伟大的哲学“心学”就此诞生。
当王阳明在贵阳乡下悟道的时候，朝廷上正上演惊心动魄的政治风波。由于刘瑾把持朝政、欺压百姓，宁夏地方军和镇守宁夏的藩王安化王打着“杀死刘瑾，为民除害”的口号，起兵造反。叛乱很快被杨一清平定，然后李东阳、杨一清和杨廷和拉拢了仇视刘瑾的另一个太监张永，借着安化王叛乱的事情，把刘瑾的各种罪名都和朱厚照讲了一遍。最后，朱厚照终于知道了刘瑾的真面目，并且意识到自己处境的危险性，当即决定凌迟处死刘瑾。经过殊死的搏斗，正直的力量终于占据上风，大明王朝再次回到正常的轨道上。李东阳，这个昔日唯一留下来的内阁成员，终于得到了解脱，告老还乡。
虽然经历了刘瑾事件，但朱厚照爱玩的天性没有改变。他千方百计想要摆脱百官的束缚，到民间撒欢。甚至有一次还偷偷跑到关外，主动招惹蒙古部落。不过在那次跑到关外，御驾亲征蒙古骑兵的战争中，朱厚照居然意外地展示了他的高超的军事才能，击溃了蒙古骑兵的进攻。
不久之后，当初朱棣靖难之役中挟持的宁王朱权的后代宁王朱宸濠在封地南昌起兵造反。而王阳明在杨一清和兵部尚书王琼的支持下，也走出了贵阳乡下，担任了江西巡抚。宁王叛乱之前，花费巨资收买了朝廷上很多官员，于是，朱厚照到很晚才知道宁王叛乱的事情，而且并不了解事态的严重性。王守仁在没有中央军援助的情况下，通过招募江西周边的地方军，以及各种巧妙的兵法和心理战术，最终大胜叛军，俘虏朱宸濠，平定了宁王之乱。
宁王之乱平定时，朱厚照并不知道叛乱已经平定了，凭着爱玩的天性，他决定御驾亲征，平定叛乱。实际上，朱厚照是想借着平定叛乱的名，下江南玩一玩。而另一个拍马屁的太监江彬刻意封锁了宁王之乱被平定的消息，他有一个宏伟的计划，他想趁朱厚照下江南期间，偷偷杀掉朱厚照，自己当皇帝，于是他也很想让朱厚照御驾亲征。
王阳明知道朱厚照御驾亲征的消息之后，非常震惊。想想看，一个皇帝带着几十万军队，走到哪都是一笔巨额开销，肯定会导致当地百姓民不聊生。于是王阳明极力劝阻朱厚照不要亲征了，叛乱已经被平定了。王阳明的行为违背了江彬的意愿，于是江彬不断找王阳明的麻烦，甚至想杀掉王阳明。好在王阳明通过智慧，拉拢了另一个太监张永，保住了性命。而江彬的胆子也太大了，在皇帝游览南京牛首山时，把皇帝藏了起来，制造了皇帝离奇失踪的案件。这是江彬在试探百官的反应，以便为进一步造反篡位做准备。王阳明等大臣知道后，开始安排南京、江西等地的守备军进行军演和搜查，江彬知道自己的阴谋被识破之后，没过几天，朱厚照又现身了。可在返回京城的路上，路过清江浦时，皇帝在当地的池子里钓鱼，结果意外跌落水中，虽然被随从救上岸，但没过多久就病倒了，最后离奇死亡，结束了他多姿多彩的传奇一生。
朱厚照死了之后，朝廷中实际掌权的是杨廷和，杨廷和邀请江彬进宫参加一个奠基仪式，并且仅允许江彬一个人独自进宫。江彬居然欣然前往，最后当然是被埋伏在宫内的人干掉了。干掉了江彬之后，杨廷和要考虑谁当皇帝的问题。由于朱厚照玩得太狠了，没生孩子，于是杨廷和安排朱见深的孙子，朱厚照的从弟朱厚熜继位当皇帝，这就是明朝历史上在位时间第二长的嘉靖皇帝。
在朱厚照统治的正德年间，王阳明是一个伟大的人。他经历了父亲的训斥，格竹子的执著，刘瑾的廷杖，龙场的悲凉，悟道的喜悦，悲愤的逃亡，平叛的奋战，如此多的官场风波，刀光剑影，几起几落，世上再也没有一样东西，可以扰乱他的心弦。他历经坎坷，却意志坚定，混迹官场，却心系百姓，他反对暴力和贪欲，坚信正义和良知。他是伟大的政治家、思想家、军事家，他是真正的圣贤！