严嵩倒台后，徐阶成为新的内阁首辅，把持朝政。某种程度上，徐阶和严嵩是一类人，也是独揽大权，但有一点不同的是，严嵩贪污不干活，而徐阶真的会干实事。徐阶入阁后，又推举了高拱入阁。高拱当时是嘉靖第三子朱载垕（裕王）的讲官，徐阶估计裕王未来会继承皇位，现在提拔高拱，等裕王上位后，自己退休后不至于会被清算。但是，高拱并不领情，他觉得裕王迟早要继承皇位，自己迟早要入阁，和徐阶的提拔没啥关系。高拱不但不感激徐阶，还跟徐阶对着干。于是，徐阶和高拱的斗争开始了。
此时的张居正只是翰林院的一个小官，徐阶也有意提拔他。当得知嘉靖驾崩的消息后，徐阶只叫来了张居正，让张居正拟写嘉靖的遗诏。凭借这份遗诏，徐阶的威望达到了顶点，高拱的气焰被打压下去，张居正和徐阶结为同盟。
由于嘉靖的前两个儿子都夭折了，嘉靖死后，裕王朱载垕继承皇位，史称隆庆皇帝。朱载垕继位后，采取相对宽松的政治制度，而且不怎么管理朝政，把国家大事都交给内阁处理。此时的内阁成员有徐阶、高拱、张居正等人。
内阁成员中，徐阶把高拱挤回家了。后来，徐阶觉得做官做累了，主动请辞回家了。没过多久，高拱又通过各种渠道回到内阁，并借海瑞（明朝第一清官）弹劾徐阶的儿子，弄得徐阶妻离子散，差点家破人亡。事实上，高拱和徐阶也没啥区别，只是换个人当首辅罢了。高拱掌权后，开启了历时三年的高拱改革，史称“隆庆新政”。 新政也没啥新鲜玩意，不外乎休养生息、努力干活之类的。高拱执政这几年，国泰民安、国运蒸蒸日上。值得一提的是，在此期间，明朝开启了与蒙古鞑靼之间的封贡互市，也就是明朝给鞑靼封官，鞑靼给明朝进贡，明朝回赠金银珠宝，同时开放与鞑靼的市场贸易。封贡互市之后，折腾了两百多年的明蒙战争终于落下帷幕，此后近百年中，双方未再发生大规模战争。
内阁成员中，徐阶走了之后，高拱和张居正又闹起来了，最后张居正借隆庆皇帝驾崩时发生的事把高拱挤走了。事情经过是这样的，朱载垕只当了六年皇帝就驾崩了，他的儿子朱翊钧继位，史称万历皇帝。由于万历皇帝继位时才10岁，高拱在某个场合不小心说了一句藐视皇帝的话“十岁太子，如何治天下”。张居正捕风捉影，对高拱的这句话添油加醋，大做文章，说高拱是藐视皇帝，有专权跋扈之嫌。最后，10岁的万历皇帝下令，把高拱削职为民，立即回老家，高拱的命运就此终结。自此，张居正登上历史舞台，听野史说他和万历皇帝的母亲有一腿，不知真假。由于当时万历年幼，张居正又和万历他妈有关系，于是国家大事基本是张居正说了算。
张居正掌权之后，实行了闻名的“张居正改革”。改革主要有两个内容，一条鞭法和考成法。一条鞭法最主要的内容是颁布统一规定，全国税收由实物税变为货币税，也就是说以后税收不收东西了，统一改收钱。一条鞭法以前，各地的税收都是实物税，即收税是收实物，比如收上来棉花、粮食之类的。实物税既不利于实物管理，又容易被各地官员做手脚进行贪污。一条鞭法之后，皆大欢喜，朝廷收上来的是白花花的银子，老百姓也不用听凭官员糊弄。考成法是针对官员的考勤制度，即要求所有大小官员，年初制定年度计划，年末一一对照，据此评定绩效，赏罚分明。于是，官员们一改往日作风，认真干活，兢兢业业，只求年度弄个考核合格，工作效率得以大幅提升。在张居正的严厉督促下，官员们勤勤恳恳，国家财政收入不断上升，明朝国势蒸蒸日上。
明朝内政蒸蒸日上的同时，明朝军队的实力也稳步加强，因为两位猛人的存在。即之前的抗倭名将戚继光，现在被调到蓟州当总兵，抵御蒙古入侵；辽东总兵李成梁，当时明朝最优秀的骑兵将领，手下有一支精锐的骑兵，人称“辽东铁骑”。
事实上，张居正虽然是很杰出的政治家，但爬到他这个位置上，也不是什么老实人。张居正掌权后，对他曾经的敌人、学生和盟友都下过狠手。此外，他的个人作风也有问题，作威作福，自己乘坐的娇子居然要32个人抬，轿子上什么都有，连卫生间都有。
与蒸蒸日上的帝国相反的是张居正蒸蒸日下的身体，万历十年，张居正去世，年五十八，张四维继任内阁首辅。张居正死后，无数人开始弹劾张居正。由于万历慢慢长大，发现自己的权力被张居正夺走，多少对张居正心存芥蒂，在众人的弹劾下，万历对张居正进行抄家，他的长子自杀，次子被充军，下场不得不说凄惨啊。张居正去世后，除一条鞭法，其他措施都被废除，张居正改革以失败告终。
张居正死后，万历正式执政，一直勤奋工作，日夜不息。但是万历十五年（1587）发生了三件不大不小的事：戚继光去世、海瑞去世、万历皇帝开始消极怠工不理朝政，冥冥之中预示着明朝国势的衰败。
万历二十年至二十六年爆发的抗倭援朝战争，即明朝为了援助朝鲜，抗击倭寇的战争。事情的起因是这样的，日本战国时期，丰臣秀吉统一日本，为了获得更多的土地，丰臣秀吉打算先进攻朝鲜，后进攻明朝。由于朝鲜国内承平日久、武备松弛，军队战斗力实在是太差了，很快朝鲜沦陷。明朝为了遏制日本的进攻，打算出兵援助朝鲜。抗倭援朝战争分为两个阶段，第一阶段是明朝派出李成梁长子李如松带领的辽东铁骑和吴惟忠带领的戚家军二代，战争以明朝胜利结束，但明军损失也比较大，而且远离明朝大陆，补给跟不上，明朝和倭寇展开谈判。谈判过程是，明朝派了一个大忽悠沈惟敬去和丰臣秀吉谈判，丰臣秀吉提出了一堆无理的要求，沈惟敬居然答应了，但回国后没和明朝讲，明朝以为丰臣秀吉诚服了，于是同意和丰臣秀吉讲和。但是没多久，事情败露，丰成秀吉恼羞成怒，二次举全国之力出兵朝鲜。由于在此期间，李如松在与蒙古的战争中不幸阵亡，明朝派出以麻贵为首的军队再次出征。第二阶段的战争互有胜负，局势陷入胶着状态，后来，丰臣秀吉在日本国内因病去世，日军全部撤离朝鲜，抗倭援朝战争结束。